Основан в Томске в 1922 году. С 1923 по 1931 годы издание журнала было перенесено в Новониколаевск (Новосибирск). В 1922 году – ежемесячный журнал научной, практической и общественной медицины и врачебного быта, издается Ученым медицинским советом Сибздрава при ближайшем и постоянном участии общества естествоиспытателей и врачей Томского университета и Общества практических врачей Томской губернии; с 1923 года – журнал управления уполномоченного Народного комиссариата здравоохранения по Сибири.

В 1932 году издание выходило под названием «За социалистическое здравоохранение».

С 1933 года в течение 65 лет журнал не издавался. Выпуск журнала был возобновлен в 1996 году, он выходит как рецензируемый научно-практический медицинский журнал с периодичностью раз в квартал. Главным редактором журнала с 1996 года является академик РАМН Ростислав Сергеевич Карпов.

В 2020 году издание переименовано в «Сибирский журнал клинической и экспериментальной медицины».