Сооружение церкви связано с именем сосланного в Сибирь декабриста Г. С. Батенькова, который за десять с лишним лет, прожитых в Томске, проявил себя как талантливый архитектор. Им был спроектирован и под его наблюдением построен для золотопромышленника Степана Егоровича Сосулина дачный комплекс в местности, которая теперь называется по имени заказчика – Степановка. В комплекс построек входили: большая дача с террасой, с надворными постройками, оранжереей; помещения для мыловаренного, свечного и кожевенного заводов, а также деревянная церковь.
Храм представлял собой в плане четырехугольный крест, был обильно украшен иконами, выписанными из столицы. Деревянная однопрестольная церковь была построена по благословению преосвященного Парфения, епископа Томского и Енисейского, и освящена в декабре 1856 года во имя святого первомученика и архидиакона Стефана.
Закрытая в 1920 году церковь на Степановке была переоборудована под клуб педагогического техникума. Впоследствии церковное здание было полностью разобрано.
Церковь во имя святого первомученика архидиакона Стефана // Православные храмы Томска: альбом. – Томск, 2005. – С. 22-23