Деревянная двухпрестольная церковь во имя святого преподобного Иоанна Лествичника была построена на средства купца И. Г. Гадалова в окраинной местности, называемой «Ямы», на Ново-Киевской улице и освящена 12 декабря 1900 года.
В 1908 году при храме было основано церковно-приходское попечительство. В 1912 году в штате церкви состояли священник и псаломщик, прихожан насчитывалось 1703 человека.
В 1920 году церковь была национализирована. Новосибирский облисполком 29 мая 1940 года удовлетворил ходатайство Томского горисполкома о закрытии церкви. Вскоре она сгорела, позже на ее фундаменте был построен двухэтажный деревянный жилой дом.
Церковь святого Иоанна Лествичника на Ямах // Православные храмы Томска: альбом. – Томск, 2005. – С. 26-27