Церковь во имя святителя Николая Чудотворца была построена тщанием служащих станции Томск-II Сибирской железной дороги по инициативе инженера Аркадия Николаевича Матвеева при субсидии в 3000 рублей от фонда имени императора Александра III и освящена архиепископом Макарием 12 ноября 1906 года.
Пятиглавое одноэтажное здание с шатровой колокольней было деревянным, поставленным на каменный фундамент. В 1912 году в храме служили священник и диакон, прихожан насчитывалось до 1943 человек. При храме имелось церковно-приходское попечительство. В церковной библиотеке было 150 книг.
Постановлением Томского губисполкома в 1925 году церковь была закрыта, церковное здание было использовано как клуб для рабочих станции, затем как столовая, а позже снесено.
Николаевская церковь при станции Томск-II // Православные храмы Томска: альбом. – Томск, 2005. – С. 28