Первоначальный деревянный храм на Уржатке (район современной площади Батенькова) упоминается с 1639 года. В 1649 году после пожара была выстроена двухэтажная деревянная церковь.
Каменная Благовещенская церковь – одноэтажная, двухпрестольная – была заложена в октябре 1783 года, главный Благовещенский престол освящен 18 июня 1806 года. Архитектурный стиль храма – «сибирское барокко». В 1892 году при Благовещенской церкви открылось церковно-приходское попечительство, а в 1897 году – церковно-приходская школа. В церковной библиотеке было около 1420 томов книг.
В 1920 году Благовещенская церковь была национализирована. В апреле 1934 года в Благовещенской церкви прошла государственная ревизия. Храм был признан ветхим, пришедшим в негодность и потому подлежащим закрытию. В 1934 году церковь была снесена.
Православные храмы Томска. – Томск: Гала-Пресс, 2005. – С. 20-21