Первоначально церковь во имя святого благоверного князя Александра Невского была тюремным храмом при «исправительном арестантском отделении № 2» и находилась в одном из помещений внутри здания. В 1856 году рядом со зданием тюрьмы был заложен фундамент будущего храма. В 1877 году на средства купца М. Е. Шебалина по проекту архитектора А. П. Бехтера была построена церковь в неоготическом стиле. Но томский городской голова З. М. Цыбульский не одобрил сооружение храма, который больше напоминал не православный храм, а немецкую кирху. Архитектором В. В. Хабаровым был сделан новый проект храма в неорусском стиле, с двойным пятиглавием, богатым наружным декором. К 1880 году здание прежнего храма было перестроено по новому проекту, и 12 апреля 1880 года церковь Арестантского исправительного отделения была освящена во имя святого благоверного князя Александра Невского.
После прихода к власти большевиков церковь была в 1920 году закрыта. В 1920-1925 годах в здании размещался Дом принудительных работ № 2. В 1929 году здание было передано издательству «Красное знамя» для размещения типографии. В 1986 году здание передали объединению «Томскоблкнига». Решением Томского областного совета народных депутатов в 1993 году здание храма было передано Русской православной церкви.
Храм в честь святого благоверного князя Александра Невского // Православные храмы Томска. – Томск, 2005. – С. 98-117