Двухэтажное каменное здание нынешнего храма было заложено 14 февраля 1789 года. Нижний престол в честь Обновления храма Воскресения Господня в Иерусалиме был освящен 18 октября 1803 года. С 1892 года при церкви действовало попечительство о бедных. В 1896 году была открыта церковно-приходская школа. 19 декабря 1897 года на отдельно стоящую к западу от храма каменную звонницу был поднят большой Воскресенский колокол, отлитый в Ярославле на заводе Оловянишникова. Колокол имел диаметр более 4-х метров, а его общий вес составлял 16640 кг. Горожане нарекли его «Томским Царь-колоколом».