Богоявленский собор берет свое начало от небольшой Богоявленской церкви, построенной в 1633 году и стоявшей метров на 70 юго-восточнее нынешнего каменного собора. Храм неоднократно страдал от пожаров, но каждый раз его снова восстанавливали. В 1777 году недалеко от обветшавшего деревянного храма был заложен каменный, а 23 ноября 1784 года был освящен нижний этаж церкви. Строительство верхнего придела во имя пророка Илии растянулось на сорок лет и завершилось в 1817 году. Храм имеет особое значение для истории Томской земли: именно в Богоявленском соборе на праздник преображения Господня 6 августа 1804 года было всенародно объявлено о торжественном открытии Томской губернии.
Богоявленский кафедральный собор // Православные храмы Томска: альбом. – Томск, 2005. – С. 30-53.