31 мая 1909 года состоялась торжественная закладка церкви. Чин основания храма совершил святитель Макарий (Невский). Строилась церковь на деньги, выделенные местной городской властью, и на пожертвования народа. 18 декабря 1911 года новый храм был освящен викарным епископом Иннокентием. Главный престол храма был освящен в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла, правый – во имя 1-го и 2-го обретения главы св. Иоанна Предтечи, а левый – в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1920-е годы храм согласно требованиям большевистской власти был в подчинении раскольников-обновленцев. В 1940 году церковь была закрыта властями и вскоре стала складским помещением Поросинского спиртзавода. Но уже в 1944 году храм был возвращен православной церкви.
Собор во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла // Православные храмы Томска: альбом. – Томск, 2005. – С. 54-75.