Основан в первой половине XVII в. на берегу Томи, в устье р. Большая Киргизка, к северу от Томска как Богородицкий, или Усть-Киргизский монастырь. Из-за незащищенности от набегов кочевников и наводнений в 1656 г. перенесен в Томск. Строительство монастыря на новом месте, на Юрточной горе, было завершено в 1663 г. По церкви во имя св. Алексия, человека Божия, монастырь стал называться Алексиевским, или Богородице-Алексиевским.
Караваева, А. Г. Богородице-Алексиевский мужской монастырь // Энциклопедия Томской области. Т. 1. – Томск, 2008. – С. 75.